Основните предимства на Водноелектрическите централи са:
- не предизвикват емисии от парникови газове и не произвеждат токсични отпадъци
- най-евтин производител на електроенергия
- основните регулиращи и балансиращи мощности в електроенергийната система в България са големите Водноелектрически централи
- Водохранилищата се използват за напояване и водоснабдяване
- имат ниски разходи за експлоатация и поддръжка
- Жизненият им цикъл е много дълъг
- Водната енергия може да се използва при условия на променливо търсене
- ВЕЦ може да достигне максималната си мощност в рамките на няколко минути. За сравнение при ТЕЦ са необходими няколко часа.
Водната енергия осигурява надеждно производство на значително количество електроенергия (8 от 10-те най-големи електроцентрали в света са ВЕЦ) на средна цена, която е толкова ниска, или по-ниска, от цената на конвенционалната енергия.
Освен всички изброени преимущества на водноелектрическите централи, тяхно основно предимство е свързано с интегрираното използване на водата. Това се изразява в следния приоритетен ред на издаване на разрешително за водовземане и/или за ползване на воден обект:
- За питейно-битови нужди
- Лечение и профилактика – само за минерални води
- За земеделски цели
- Други цели, включително промишлени цели, отдих и хидроенергетика.