Основните предимства на Водноелектрическите централи са:

• не предизвикват емисии от парникови газове и не произвеждат токсични отпадъци
• най-евтин производител на електроенергия
• основните регулиращи и балансиращи мощности в електроенергийната система в България са големите Водноелектрически централи
• Водохранилищата се използват за напояване и водоснабдяване
• имат ниски разходи за експлоатация и поддръжка
• Жизненият им цикъл е много дълъг
• Водната енергия може да се използва при условия на променливо търсене
• ВЕЦ може да достигне максималната си мощност в рамките на няколко минути. За сравнение при ТЕЦ са необходими няколко часа.

Водната енергия осигурява надеждно производство на значително количество електроенергия (8 от 10-те най-големи електроцентрали в света са ВЕЦ) на средна цена, която е толкова ниска, или по-ниска, от цената на конвенционалната енергия.

Освен всички изброени преимущества на водноелектрическите централи, тяхно основно предимство е свързано с интегрираното използване на водата. Това се изразява в следния приоритетен ред на издаване на разрешително за водовземане и/или за ползване на воден обект:

• За питейно-битови нужди
• Лечение и профилактика – само за минерални води
• За земеделски цели
• Други цели, включително промишлени цели, отдих и хидроенергетика.